Музей был основан в 1925 году. Первым директором был Н. А. Наконечный. В 1950-е музей был закрыт за отсутствием помещений. В 1960-е открыт усилиями краеведов. С 1976 года народный музей вместе с комплексом историко-архитектурных памятников на Кий-острове был реорганизован в Онежско-Кийский филиал Соловецкого государственного историко-архитектурного и природного музея-заповедника (СГИАПМЗ). В 1987 г. Онежский музей стал филиалом Архангельского областного краеведческого музея (АОКМ). А в 1988 г., в связи со 100-летием полярного капитана и исследователя А. С. Кучина, получил статус историко-мемориального музея.
Музей ведет работу по изучению истории Онежского края, выявляет и собирает предметы, связанные с жизнью и деятельностью онежан. Создает временные и передвижные выставки, выпускает литературу об истории края. Проводит занятия, лекции, экскурсии. Музей воспитывает юное поколение на лучших примерах из жизни их отцов и дедов.
В музее работают 5 временных выставок.
В музее хранится мемориальная коллекция семьи Кучиных, семьи онежанина конца XIX - нач. XX вв. Негодяева Г. Н., клад 1916 года, коллекция онежской вышивки.
На базе Онежского историко-мемориального музея проходят традиционные всероссийские акции «Сумерки искусств», «Ночь искусств» и «Ночь музеев».
Страничка «Вконтакте»: http://vk.com/museumonega